导致隐匿性肾炎的原因可能有多种，包括链球菌和其他细菌、病毒、原虫等感染。病理改变可显示广泛不同的病理类型，包括微小病变型、系膜增殖性肾炎(包括IGA肾病)、局灶节段性增殖性肾炎，有时类似消散期链球菌感染后肾炎，少数病例可呈较严重的肾小球病变。此外，遗传性肾炎也可以无症状性血尿和（或）蛋白尿起病，因此需做肾活体组织检查才能明确病因。